In verstedelijkt Nederland zijn steeds meer dieren dakloos. Moderne bouwtechnieken geven biodiversiteit in de bebouwde kom weinig kans. Met de faunaflat krijgen kleine dieren een eigen plek in de woonomgeving. Toegespitst op de wensen van verschillende dieren is de flat een waardevolle ecologische toevoeging aan stedelijke gebieden of grensgebieden tussen stad en natuur.

Tegenwoordig kan de huisvesting voor vogels en vleermuizen op verschillende manieren in de bebouwing worden geïntegreerd. Hiervoor zijn speciale voorzieningen ontwikkeld zoals mussenvides onder de onderste dakpannenrij of in de spouwmuur gemetselde nestkasten voor bijvoorbeeld gierzwaluwen en vleermuizen. De toepassing van deze oplossingen komt moeizaam van de grond. De faunaflat biedt een alternatief. De flat vormt een onderkomen voor verschillende diersoorten tegelijkertijd.